アフターサポートのおまかせ開発プランで作ったシステムの著作権はどうなりますか？

開発したシステムのソースコードの著作権は、すべて貴社に帰属します。

GitHubリポジトリ（コードの保管場所）ごと納品しますので、将来的に自社でカスタマイズしたり、別の開発会社に引き継いだりすることも自由にできます。